灰太狼混进羊村播种迷糊草，并设计令懒羊羊吃下拌有迷糊草的沙律，岂料懒羊羊因进食了过量的迷糊草而狂性大发，令灰太狼自讨苦吃。灰太狼几经辛苦成功逃脱后，回到家竟发现红太狼也吃下了过量的迷糊草正欲追咬他。
灰太狼从广告中得知一种神奇的魔笛，听到笛声的动物都跟着走。但是买下了魔笛的灰太狼并不知道笛子就没有广告中所说的功效，不知情的他迈着自信的步伐大摇大摆的走向羊村。灰太狼没有看出被魔笛“迷惑”的羊羊们，实际上将计就计，已经串通好了假装被他的魔笛迷惑，因为大家准备齐心协力狠狠的收拾他！
灰太狼想到用充气飞船进攻羊村，但被沸羊羊用标枪击落，再用蜘蛛丝飞船进攻，被羊羊用剪刀剪断线索连狼带船掉进河里。灰太狼再次用钢铁造成的飞船向羊村进攻，结果还是被慢羊羊想到用化学物品掷到飞船上，使天气突然打雷下雨，灰太狼的钢铁飞船受到雷击，再次彻底失败。
一天红太狼捡到一块魔镜，镜子告诉她，美羊羊是世界上最美丽的，而她却是世界上最丑的。自认天下第一美的红太狼自尊心受到严重的打击，发誓要除掉美羊羊，她用奸计抓住了美羊羊。危急关头，美羊羊急中生智，利用红太狼爱美的心态，骗其用石膏作全身倒膜，令其动弹不得，最后与前来相救的喜羊羊等一起将二狼扔进热锅里，黑夜里，传来了阵阵狼的哀号声。
灰太狼受到修建海底隧道的新闻启示，决定修建一条通往羊村的地道。无意间被村长识破，于是喜羊羊将计就计破坏灰太狼的计谋，令灰太狼跌落羊羊们设下的一个又一个的圈套。一会儿受到水淹；一会儿又被炸弹炸得面目全非；一会儿又被误道到南极，冻作冰雕。最后，更由于羊羊们对路标的破坏，令灰太狼挖坏了森林里许多动物的巢穴，动物们群起而攻之……
灰太狼发明了可以隐形的药水，于是潜往羊村。不料药水的隐形时间有限，被喜羊羊识破，可是懒羊羊还是被被灰太狼抓走了。慢羊羊发明了可以对付灰太狼的防水隐形药水，喜羊羊等人救出懒羊羊，灰太狼的补羊计划再次落空。
为了校庆，慢羊羊组织排练《狼外婆》话剧。大家都积极的参加。这一条消息被灰太狼制造了偷听到，他准备混到剧组演中，趁羊羊们在没有防备的情况下抓羊给老婆做羊肉大餐。没想到羊羊们的反偷听装置发现他的阴谋，大家修改了剧本等灰太狼自投罗网。
大家正在苦思妙法彻底解除狼的威胁。这时慢羊羊想起十几年前有人送过一个神奇宝盒给他，只要危难时就可以战胜敌人！正当大家喜悦，喜羊羊更把灰太狼招来之际，慢羊羊却说年月太久，宝盒不知掉哪角落了！幸亏最后寻到，大家胆量倍增，与灰太狼决一死战，吓得灰太狼落荒而逃，这时却发现宝盒是空的……
灰太狼得着了祖先留下来的“鹰狼复合”的技术，无奈只抓到了猫头鹰，只好将就与其复合。灰太狼得意的飞到羊村上空，不料复合后的鹰狼状态只能维持三分钟，抓羊失败后的灰太狼回到古堡后，再次与猫头鹰复合。谁知复合鹰狼保留了猫头鹰白天睡觉的特性，结果在羊村铁栏杆上睡着了。一教醒来，发现了自己被吊在半空，吃人鱼正围着他蠢蠢欲动。
灰太狼发明了一个羊肉切割机，将此机器伪装成一个魔术箱。灰太狼伪装成魔术师去羊村卖艺，欲将羊一网打尽，却被喜羊羊反骗灰太狼进入了切割机。一心等着吃羊肉的红太狼没等到羊肉，反而等到了灰太狼的身躯碎片。
灰太狼发明了强力磁石，想利用磁石的吸力把自己吸到羊的身边。可是机智喜羊羊击败了灰太狼。灰太狼不死心继续改进磁石，这次他要利用磁力把羊全都抓到自己的笼子里。喜羊羊又一次识破了灰太狼的诡计，最终飞向灰太狼的竟是大石头和食人鱼……
慢羊羊过大寿，很多亲朋好友都送来生日礼物。站岗的沸羊羊发现门口有一件礼物十分奇怪，殊不知这是灰太狼隐藏的机关！几经波折，沸羊羊果然把灰太狼礼物背回了羊村。这次大祸临头了，幸亏慢羊羊发明的遥控“捕狼网”发生了作用……
沸羊羊误吃了令羊迷失本性、发癫发狂的疯羊菇，为免沸羊羊周围咬羊，所以被喜羊羊等用笼子吊到铁门上，度过一个月的治疗。灰太狼见只有沸羊羊一个，就趁机把它捉走。迷失本性的沸羊羊见狼就叫，引致灰太狼和红太狼都染上了疯羊症互相嘶咬。
红太狼亲自出马，将灰太狼当工具，火烧狼尾，狂奔的灰太狼把众羊赶至狼家大锅。喜羊羊设计骗红太狼与灰太狼内讧，并乔装成红太狼。可怜的红太狼则被灰太狼误当作羊丢进了滚烫的锅中，众羊伺机逃走。
灰太狼发明了声控炸弹，威胁羊村把铁门打开。不料喜羊羊识破了灰太狼的诡计，始终没有让灰太狼在铁门上启动炸弹，而炸弹却在灰太狼的身边爆炸。灰太狼被炸惨，于是研制出了威力更大炸弹，要报复羊村，而此时慢羊羊也想出了新的对策……
小羊们肆无忌惮地在狼家附近玩耍。灰太狼因缺乏锻炼，连根羊毛都没捞着。于是给自己装上电池，在多次改装设备下，动力十足的灰太狼以为一定可捉到羊，不料恰逢天气突变，喜羊羊情急生智，让灰太狼尝试了一次五雷轰顶。
沸羊羊效仿羊村英雄大力羊当骑士，中了灰太狼设下的陷阱，落入狼窝。对沸羊羊身上的盔甲，灰太狼与红太狼束手无策。喜羊羊扮成锁匠迎救沸羊羊。并骗灰太狼和红太狼上了改装过的火箭，将两狼甩上月亮。
灰太狼有位捕羊高手狼叔叔要来看他们。灰太狼让红太狼暂时扮作温柔，哄得狼叔叔的欢心，把绝技传授给灰太狼，并亲自带领灰太狼进犯羊村！就在危在旦夕之际，聪明的羊群们终于研制出了秘密武器——西瓜阵！
警惕性不高的美羊羊在一次执勤时不小心被灰太狼抓住了。就在被红太狼放进炸油锅的瞬间，美羊羊提出可以做红太狼的美容顾问，帮他恢复青春。红太狼果然上当，不但放开美羊羊，还把他当上宾看待，最后成功逃脱之余，还恨恨教训了两只狼一番！
灰太狼对羊村强攻不行，又想了一个馊主意——谈判。企图利用这个机会对羊群来个彻底清洗！这个阴谋被喜羊羊洞悉，于是与众羊们精心策划了应对方案。灰太狼与喜羊羊正式谈判时，果然启动了陷阱机关，可惜全部让自己中招……
一次偶然的机会，灰太狼实现了祖宗们研究的制冰技术。于是，他把与羊村相隔的河水结成冰，并与红太狼一齐将羊村变成冰村，想逼羊群离开羊村。谁知却反而扑灭了羊村的火灾。羊羊们利用村长发明的太阳能光照灯将河水溶解，被解封后的吃人鱼疯狂追杀灰太狼夫妇。
灰太狼被老婆下了最后通牒，一定要抓羊回来，万般无奈之下，发现有家“捕羊武器专卖店”，大喜之下，倾囊买了几款武器，直奔羊村而去。可是恶有恶报：灰太狼终因操作错误，反被特别武器伤得体无完肤！
红太狼在一本杂志上发现了灰太狼有点像一位羊博士，于是给他整容，化妆成羊博士并成功混进了羊村！众羊对这位假博士如偶像般崇敬，令饱受老婆摧残的灰太狼飘飘然起来。与此同时，灰太狼发现羊村的捕狼装置十分严密，于是以博士的身份进行破坏。幸亏喜羊羊从始至终保持着清醒，终于联合羊群战胜了两只入侵的狼！
一早上，灰太狼在打扫房间时不小心把老婆的化妆品弄碎，无意得到了隐身效果。心急的灰太狼全身涂满隐身膏到羊村偷袭，希望能抓到羊能给自己一个赎罪的机会。但是却不小心暴露身份被羊羊们识破，结果自己被大肆捉弄。
喜羊羊的表哥瘦羊羊来到羊村。性格怪异又饭量极大的瘦羊羊遭到羊村居民的反感，没想到外表瘦肉的瘦羊羊却力大无穷，用自己的超能力多次打败来袭的灰太狼。羊村的居民对瘦羊羊热情款待，瘦羊羊很快就发胖地失去了超能力。村民决定给瘦羊羊减肥……
慢羊羊研究出一种蹄印锁。灰太狼骗得沸羊羊蹄印打开铁门，捉了懒羊羊。并自家装上带高压电的唇印锁。喜羊羊假扮成红太狼都骗不到狼唇印。在与灰太狼大玩追逐战，灰太狼误开了锁头，羊羊又一次逃出狼爪。
灰太狼发明了能发出让人晕倒的强力光波的闪光照像机，进羊村捉羊的时候，美羊羊误用镜子将强力光波反射，照晕了灰主狼。灰太狼再想到制造出内装有单面玻璃的自动照像屋，吸引并照晕了美羊羊和沸羊羊，幸得喜羊羊用计将光波反射照晕狼太狼，救出了美羊羊和沸羊羊，并以其人之道还治其人之身。
灰太狼像往常一样用写日记的方式记录着自己的每一天：早上被饿了的老婆喊起来抓羊，本想用发明弹簧鞋的去抓羊，结果忙碌一天还是没抓到羊，而被老婆打！这是平淡得不能再平淡的生活，按他的想法却认为这样的生活已经很满足了。
灰太狼发明了易容水变成箭进了羊村，不料被卡在树上，反被逼慢羊羊发明的软绵绵蛋糕，按照喜羊羊的意原变成了一只羊，而灰太狼则喝下易容水变成灰太狼，并把灰太狼变的羊送给红太狼，灰太狼这回成了替罪羊了……
灰太狼想飞过羊村铁门，却被喜羊羊用弹叉打了下来。灰太狼气急败坏，拿出弓箭对付喜羊羊，喜羊羊拿出火枪；灰太狼拿出手枪，喜羊羊拿出机关枪、甚至是大炮。灰太狼又研制出了飞弹！战争正在升级……
为了抓羊，灰太狼夫妇又施诡计。不料红太狼被雷击中昏迷，灰太狼为救老婆，心急如焚。睡梦中，灰太狼得到老天爷启示，只有为羊羊做好事，弥补过错红太狼才会醒来。狼为羊做好事！？灰太狼的苦日子来了……
灰太狼控制着机器战警进攻入羊村并捉住了懒羊羊，喜羊羊把机器战警引到木桥上，掉到河里，救回懒羊羊。灰太狼再次将机器战警改良，改成用木头做，做到不少羊，喜羊羊再次联合沸羊羊等将火把投向机器战警，木头遇到火就会燃烧，灰太狼最终落败。
羊历新年到了，在这一年里狼不能伤害羊，灰太狼夫妇为此感到十分痛苦，两人抱怨为什么没有狼历新年，这样就可以在自己的新年里随便吃羊了。于是两人翻出狼族家谱，才知道是自己的祖先不争气，在十二生肖的排位赛中失利。两狼也只好认命。
灰太狼无意中发现祖宗留下的机械狼，并命名为“灰太狼二世”。灰太狼利用机械狼捉羊，但屡屡失败。机械狼从有线遥控变为无线遥控，直至人工智能，但每次都让小羊逃脱，并最终损坏被众羊获得。其后众羊利用机械狼反过来戏弄两狼。
慢羊羊为避免灰太狼进村偷盗，发明了“防狼喷雾”。懒羊羊在试验时不小心把众羊石化，并被潜入羊村的灰太狼一网打尽。两狼发现石化的众羊无法进食，灰太狼无奈之下只能研制解药。喜羊羊骗得解药救回众羊，并利用“防狼喷雾”击退追来的灰太狼。
灰太狼把强力胶铺在小羊经常去的草地，可是羊羊换了新的草地觅食。灰太狼重新物色新草地，并扮成推销员，终于小羊上当被粘住。灰太狼无法将小羊从草地上带走，决定就地野炊，小羊趁灰太狼回家，想办法离开。灰太狼回来发现草地竟粘了一头猛兽。
灰太狼和红太狼前后夹击，火攻羊村。灰太狼一时得意误烧了自己。于是使用投火器，羊村烧成火海。喜羊羊危急中用喇叭花喷水灭火，并击走二狼。灰太狼改作高空纵火。羊羊用石棉做的大球拍，将火球打回去。灰太狼再次被烧，狼狈逃窜。
灰太狼看着自己年轻时的照片，受到启发研制返老玩童药水，不慎喝过量，变成狼BB。羊羊错当成狗，捡回当牧羊犬训练来保护羊村。慢羊羊研制了快速长大药水，被灰太狼偷喝，恢复原形，欲捉羊，无奈力气全失，反被众羊误认吃掉牧羊犬，追打赶出羊村。
众羊发现类似外星人的遗迹，大发外星人梦。灰太狼发现有机可乘，回家制作假飞碟，并用假飞碟捉得小羊，唯喜羊羊逃脱。喜羊羊利用灰太狼的机关假扮外星人救回众羊。灰太狼发现受骗，追羊途中发现一群真正的外星人，以为众羊假扮，反被外星人捉走。
贪玩的喜羊羊制造了精美礼物盒到处捉弄小羊，刚巧灰太狼也用同样的方法捉羊，众小羊因被捉弄过，皆不上当，最后反而是喜羊羊因为好奇而被灰太狼捉走，危急之际，聪明的喜羊羊扮成性感的小美狼捉弄两狼，趁两狼急吵之际趁乱逃走。
饥饿的灰太狼无意中食下了“变形糖”，获得了变形力，无意打晕红太狼。灰太狼为赎罪，出发去捉羊。灰太狼充分的利用变形力，把众羊一网打尽，只有喜羊羊及美羊羊逃脱。喜羊羊发现了灰太狼的弱点，并利用此弱点把灰太狼做成薄饼，送回给红太狼。
懒羊羊想吃河中鲜草，伙伴们搭桥助他过河，之后他竟把桥推倒，独占鲜草。不料那是灰太狼的陷阱，懒羊羊无人救缓，束手就擒。喜羊羊声称要除掉自私的懒羊羊，利用投石器向狼家扔石头，吓得狼夫妇落方而逃，小羊们趁机救出懒羊羊，二狼才上当。
灰太狼剽窃了慢羊羊虹吸灌溉机的创意，几经改进，终发明了吸羊机，将羊村吸个精光。喜羊羊情急之下，用抽水机对战灰太狼的吸羊机，双方拼命对吸，然而势均力敌。最后喜羊羊号召大家改吸为吹。强劲气流一下就将灰太狼夫妇吹上了星空。
灰太狼在湖边抓大雁，小羊看见，后发现草丛中有一个蛋，灰太狼和小羊争抢，小羊抢到带回羊村，并且给它孵化。灰太狼气愤，终于抢走那个蛋，幻想也孵化出雁然后养大做烤雁吃。小羊不忍雁蛋落入狼手又去争抢，但是敌不过狼，狼得意的时候，蛋突然破壳，孵化出来的竟然是只小鳄鱼，原来不是大雁蛋，小鳄的叫声因来的大鳄鱼，吓得灰太狼夺路而逃。
灰太狼扮羊对美羊羊唱情歌，趁机捉走美羊羊。众羊营救时却纷纷落入陷阱。懒羊羊因为跑得慢而掉队，反得幸免。懒羊羊以其人之道还治其人之身，在狼窝外大唱儿歌，难听至极，二狼饱受噪声折磨，不得不把小羊们交还给懒羊羊。
羊祖上留下的规矩，小羊只有被剪过羊毛才算得上一只真正的羊。村长放飞了一只鸽子，送信给剪毛人，没想到信鸽被灰太狼抓住，于是灰太狼冒充进入羊村。灰太狼在精心设计的剪毛小屋里等待着小羊进来，屋里熊熊的火焰让灰太狼热的不耐烦，把戴着的面具头套脱了下来，真相暴露，反被众小羊剪掉了狼毛。身上横七竖八好像斑马一样的灰太狼就这样回到了家中，却把红太狼吓得半死。
羊校来了一名新生暖羊羊，灰太狼见暖羊羊肥大垂涎三尺，布下陷阱欲捉暖羊羊，反被力大的暖羊羊打昏。暖羊羊认为自身打死灰太狼，与众羊到灰太狼墓前拜祭，原来灰太狼假死，设计以巨型电饭锅生擒众羊。危急之际，喜羊羊利用力大的暖羊羊令众羊脱险。
为了把羊赶出来，灰太狼复制繁殖大批量的蝗虫，蝗虫铺天盖地的飞向羊村，吃光了所有的草。羊必须冒险出来，灰太狼那布置好了鲜草陷阱，眼看小羊们就要落难，而蝗虫却破坏了自己的好事。另一方面，小羊们请来了救兵，无数只海鸥飞来，又让灰太狼受到打击。
灰太狼到家中寻找吃的，无意中找到了一颗具有邪恶魔法的种子，灰太狼用狼血来驱使邪恶藤蔓，为自己抓羊。藤蔓迅速袭来，小羊们用很多方法企图使邪恶藤蔓后退，结果却让藤蔓把自己捆起来。灰太狼和红太狼认为自身胜券在握时，是沸羊羊的出现，使事情有了转机。
灰太狼为了要突破羊村的铁门，发明了一种功能强大的溶解液，足可以融化任何金属。灰太狼将溶解液象涂墙料一样涂在铁门上，铁枝真的被腐蚀溶掉，可惜因溶液挥发得太快，只溶掉两支铁支就已用完，灰太狼心急强行钻入羊村被卡住，沸羊羊等将其打跑。灰太狼不甘失败，用密封陶瓷茶壶装溶液，再以喷枪射出。终将铁门溶解破坏进入羊村，羊群抄起各式武器抵抗，但所有捕狼夹，，以及慢羊羊发明的万能铁夹等，都被灰太狼融解个干净。但却因过度使用还是将溶液用光，被喜羊羊等用木制的标枪赶走。
灰太狼再度失败，大怒之下用一个大瓦煲装溶液到羊村，却发现羊村的铁门已换成玻璃门，一不留神，还被喜羊羊设计的玻璃罩罩住，最后还被众羊将罩推进河里，并在玻璃罩上淋上新发明的溶玻璃液。
灰太狼研制出蘑菇型地雷，趁众羊出村采粮之时将其全数捉获，关在仓库铁笼内，幸喜羊羊想出妙计，利用蘑菇雷将电闸炸坏，逃出狼家和狼窝附近的雷区，而灰太狼在追捕过程中自食其果，被蘑菇雷炸飞。
灰太狼学会了高尔夫球并想利用比赛来抓羊。他在高尔球中加上了遥控装置，想赢得比赛抓到肥羊。老鼠偷听到灰太狼的奸计，多次帮助美羊羊，令美羊羊胜眞在握。灰太狼心深不愤要抓羊，被裁判大象打走，灰太狼再次失败。
灰太狼抓羊不到，非常苦恼，突然看见招生宣传，向崂山道士那样学习穿墙缝术。灰太狼毅然决定上山拜师学艺。老天不负有心狼，他终于学会了穿缝术。但每次抓羊，匀于失败告终。气的红太狼让灰太狼教自己法术，一起抓羊。但是他们的法术都不精，反被聪明的羊羊们当风筝一样放上了天……
灰太狼利用晕眩图案捉羊。小羊们看了转动的图案，纷纷中招晕倒。只有懒羊羊逃过大难，因为睡觉没看图案。喜羊羊向灰太狼挑战，承诺只要灰太狼能把懒羊羊弄晕，两羊就束手就擒。天真的灰太狼看低了懒羊羊睡觉的功力。结果，他不但转不晕懒羊羊，反而转晕了自己。
大力木耳使灰太狼力大无穷，可也有让人行动缓慢的副作用。灰太狼抓羊不成，还被羊羊们尽情调戏一番。灰太狼改进配方，达到力量和速度的完美结合，终于满载而归。但因药力未除而错手将烹饪工具毁坏。喜羊羊乘机偷出大力木耳，变成大力羊，把灰太狼扔进太空。
冬天草木枯萎，懒羊羊正愁没好吃的，一天门口有个大罐头，懒羊羊一开罐便被灰太狼塞进罐头里。喜羊羊扮作罐头商人半路支开灰太狼，其它羊用成百个假罐头鱼目混珠，救走懒羊羊。而灰太狼最后被装有定时炸弹的罐头炸飞。
灰太狼被蜘蛛咬后，有了蜘蛛侠般的本领。本欲籍此捉羊，却被喜羊羊用杀虫剂击退。灰太狼带着防毒面具再度捉羊，结果成功。但聪明的喜羊羊骗红太狼喝下蜘蛛口服液，令其带有蜘蛛习性，追咬灰太狼，而羊群则安然返村。
灰太狼没次抓羊失败回家，都被红太狼严厉教训，灰太狼反的激将红太狼去抓羊。红太狼亲自出马，用女性的方法出招，没想到羊也抓住红太狼女性虚荣爱美丽又脆弱的缺点，把红太狼搞得很惨，而灰太狼看见，反而有报复的快感。红太狼没抓到羊，正在郁闷，看见灰太狼得意暗笑，于是红太狼把使用的火都发在灰太狼的身上。
灰太狼发明跳舞鞋来捉羊，因鞋子做得太丑，无羊理会。灰太狼把鞋子改成运动鞋。沸羊羊穿上后不能自制地跳舞，走向狼家。喜羊羊利用沼泽地，才帮沸羊羊把鞋子脱下。灰太狼久不见羊至，出门察看，不料喜羊羊已经把其鞋换成跳舞鞋。灰太狼自食其果。
灰太狼用强胶泡泡机捉住懒羊羊，喜羊羊将自己当诱饵救出懒羊羊。灰太狼不甘心，再次用泡泡机把美羊羊捉住并空运回家。喜羊羊与众羊羊用泡泡钥匙击破泡泡救出美羊羊。灰太狼把泡泡机升级为玻璃钢泡泡机肆无忌惮的攻击羊村，正得意时被喜羊羊堵住泡泡机出口，灰太狼自食其泡被升上天空。
美羊羊牙齿烂了个洞，很苦恼。一款新型牙膏引起美羊羊的兴趣。她拿回家试用。谁知入睡时，牙齿竟长成兔子牙，专门啃咬铁器。结果把铁闸啃烂。原来牙膏就是灰太狼的诡计。灰太狼夫妇在美羊羊的“协助”下，不费吹灰之力，进入羊村，把还在梦中的羊羊们捉回家。
村长慢羊羊发明了可以测试地震的仪器，突然一阵地动天摇，以为地震，结果发现是灰太狼用投石车发射百吨重量的大石头落在羊村。小羊门气愤，于是搞起破坏，灰太狼又发明一种地震仪，制造强烈的地震震裂羊村，但是灰太狼自己却掉进裂逢中。更糟糕的是地震引发了火山喷发，而喷发的中心就狼的家，狼被喷上了天……
狼家的正下方突然一股小火山岩喷发，狼家被毁，两只狼故意打点行囊，到羊村道别要离开这里，羊相信。其实狼没有离开，只是迷惑羊，并且在火山喷发不远出一个温泉湖边搞起浴场，引诱羊来，羊以为没有狼了，放松警惕，但是在洗浴的时候发现是狼煮着大锅等着吃羊肉汤，小羊们再一次让狼的计划失败。
羊村举行冬季运动会。灰太狼趁机扮作雪人捉羊，但反被冻僵。灰太狼制造带保暖驾驶仓的大雪人，在运动会中捣乱并捉获不少肥羊。喜羊羊连忙对太阳跳舞，太阳盛怒气温升高，大雪人融化，救出小羊们。二狼也被冰成冰饼，当成冰上曲棍球打飞。
懒羊羊为参加慢羊羊生日宴会，想改变自身发型。误进灰太狼的理发店。灰太狼用定身摩丝为懒羊羊改变发型。懒羊羊欲得到整瓶摩丝，灰太狼借生意为由骗得懒羊羊把众羊羊都找来理发。喜羊羊看穿灰太狼诡计使得灰太狼自己被定身并教训了灰太狼。
灰太狼发明了长毛菌，扮作大蚊在羊村偷袭众羊。众羊被刺后，身上的毛不断变长，懒羊羊和美羊羊因此被捉至狼家。慢羊羊研究解药，却出错变成了尖毛菌。喜羊羊到狼家扮医生救走懒羊羊和美羊羊，临走时，将尖毛菌撒落狼家，两狼被刺得全身是孔。
灰太狼从千羊斩的墓中找到他剩下的狼牙，并用此牙使懒羊羊变成疯羊，从而使感染众羊，只有喜羊羊机警地逃过，还假扮成疯羊至狼家，救出众羊之余，又利用此牙反咬红太狼，使其变成疯狼，追咬灰太狼。
灰太狼由于长期用眼不当和长期不使用羊肉，导致营养不良视线模糊。生活上出现很多麻烦，抓羊就更是困难，于是配上眼睛，还是影响抓，并且被羊三番五次地把眼镜搞坏，最后炸坏了狼的眼睛，灰太狼借机装瞎子，骗羊掉以轻心，但是最后还是被识破，眼睛受到更重的伤害。
希望煲是羊村祖传之物，能满足羊族的愿望，羊也因为这样变得懒惰。所以希望煲已经被羊祖先埋藏。灰太狼无意中得到希望煲，欲利用希望煲捉羊。羊羊却把它当汤煲用，把煲内的灰太狼与汤一起煮了。知道是希望煲时，羊羊谨记祖训，把希望煲及里面的灰太狼一起沉入地底。
灰太狼抓不住羊，又拿森林里的野果打发老婆，回家做成果汁装进瓶子里，又搅拌蜂蜜放进冰箱，没想到拿出来，发生化学反应，产生奇臭，意外之举，狼发明了臭臭弹，生产几个，到羊村去炸羊，果然几只小羊被臭倒，幸亏懒羊羊感冒，很快醒来，救了大家。村长慢羊羊教大家在臭臭果上喷上香水，狼再做臭弹的时候，提前发生爆炸，把两只狼炸飞上了天。
周年庆典，沸羊羊被慢羊羊的魔术深深吸引，欲学成魔术，制服灰太狼。沸羊羊偷得村长的魔术棒，因台风产生的自然现象，沸羊羊误认为自身学成魔术，遂前往对付灰太狼。灰太狼将计就计，混进羊村。在危难之际，喜羊羊得慢羊羊后台魔术造假设备击退灰太狼。
灰太狼因速度不及喜羊羊，于是发明了蜗牛迟缓液，此液使喜羊羊变成蜗牛般行动迟缓，被捉回狼家，众羊欲救之，结果也受害，就在这危急关头，喜羊羊夺得迟缓液，反将灰太狼夫妇也变成蜗牛般之余，还用盐将其化成水状。
月圆节将至，灰太狼在祖先的遗物中找到了一副人造月亮和一件披风，在人造月亮照耀下万物俱被吸干体能皆不能动，除非穿上披风者例外，但若人造月亮熄灭后穿上披风者将会被倒吸干精力。灰太狼三度进攻羊村，却总因为电力不继，被披风吸干。最后被喜羊羊做成月亮饼，送给了吃人鱼。
灰太狼突然收到一份礼物，项圈铃铛，灰太狼高兴，却不知这是喜羊羊设计的报警铃铛，只要灰太狼一出现，五百米之内，小羊们就听见警报，灰太狼奇怪，为什么羊总能早早地发现他，后来明白问题都出在这个项圈铃铛上，气愤地扔掉，但是又被喜羊羊设计一个无线遥控装置戴在身上，躲到南极的灰太狼都被监视得一清二楚。
小羊门在草原上捡到一只大牛角，戴到头上，突然灰太狼来到，沸羊羊用牛角把狼顶飞上了天。灰太狼带着红太狼去偷牛角，而沸羊羊看见红色，就犯了牛脾气，把红太狼顶得四出逃串。灰太狼借用这一点，拿老婆的红袍向斗牛一样戏弄羊，并抢走了牛角，没想到自己戴上牛角后看见老婆的红外袍也控制不住牛脾气，又把红太狼狂顶了一顿，直到把牛角卸掉以后，才算平息，狼得意又去羊村，没想到小羊们不知道又从哪里弄来一个更加凶猛的犀牛角……
慢羊羊搞科学技术研究，发明了一种可以让时间倒流的闹钟，发生某种不好的事情，可以让时光短暂地倒回，纠正错误。灰太狼抓到一只羊，也被时光闹钟给破坏了，一气之下，把闹钟抢走，回家给红太狼用，没想到小羊总是破坏，反而把红太狼折腾得更惨……
明星即将到访羊村，在羊村掀起一股追星热潮。灰太狼得知此一消息后，拦截明星拔下其身上的毛装扮成明星的样子混进羊村。不料，灰太狼因对明星的毛过敏而被细心的喜羊羊发现破绽。灰太狼混进羊村后的所设的全部陷阱均被喜羊羊破坏。喜羊羊并假借送礼物，把灰太狼狠狠教训了一顿后救回众羊，并赶走。
灰太狼抓不到羊，又拿青蛙开罪，喜羊羊勇敢地救下一只青蛙，没想到是一只青蛙王子。灰太狼又一次在湖边埋伏抓羊，羊跳进水，青蛙王子报恩救了小羊，于是灰太狼为了抓羊，和羊在水里展开追逐，但是在水里是青蛙的天下，青蛙王子和小羊在水里把灰太狼彻底地灌了一个饱，还让大鳄鱼好好地教训了一顿。
把“听话芯片”放进蚕中，此蚕豆可令服下者，听从吹哨子之人的命令。灰太狼设计让暖羊羊吃下听话蚕豆，并控制暖羊羊把众羊一网打尽。喜羊羊利用懒羊羊的歌声让暖羊羊恢复原状。逃生前偷得听话蚕豆，设计令灰太狼夫妇吞下了“听话蚕豆”，肆意愚弄了一番。
灰太狼从祖先留下的典籍中找到梦想成真药水。当他睡着时，分身就会出现，并能穿墙过壁，不惧刀枪。于是灰太狼用分身将众羊抓住，不知情的红太狼却将灰太狼吵醒，分身回归真身，众羊逃脱。不甘心的灰太狼躲在棺材里睡觉，分身再次进攻羊村，在危急时慢羊羊想起了防御办法。喜羊羊用大炮轰山使得山泥倾泻，将棺材里的灰太狼冲入河流。
灰太狼帮红太狼找项链的时候，无意中发现了一张祖先武大狼留下的宝藏图。地图指示羊村门前大石处有一地下入口，谁料巨石被羊挪用，唯有想方设法寻找线索，终于得尝所愿进入地下寻宝，众羊也十分好奇。双方进行角力，灰太狼与红太狼最终夺得宝箱，怎料知乃一场误会，武大狼并未留下一分一毫，反而是荒唐的笑线集 暴力留声机
灰太狼制造出暴力留声机——听到此机器所发出声音的动物，会情不自禁地对同类产生严重的暴力倾向，进而作出攻击。灰太狼想办法把留声机送进羊村，最终被怀旧的慢羊羊所获得。群羊除喜羊羊外均不慎受此留声机影响，被灰太狼乘虚而入一网打尽。机智的喜羊羊潜入狼家，利用暴力留声机的功能，顺利救出群羊。并借红太狼的手狠狠教训了灰太狼一顿。
狼和羊同时发现一张寻宝图，说森林某处藏有一个宝物，灰太狼假意愿意为宝藏和羊共同寻找，喜羊羊相信了它，双方一同向森林进发。一路上遇到很多险阻，狼的野心总是暴露出来，但是小羊们都化险为夷，并且最后抢到一把宝剑，有了这把宝剑，打得狼屁滚尿流，从来都是怕狼的羊，这一次跑到狼家门口去向狼挑战……
沸羊羊想成为羊村历史上的真正大力士，但村长却要他举起村外的大杠铃才行。于是，沸羊羊请来喜羊羊与懒羊羊帮忙，结果，被灰太狼用胶水把他们粘在杠铃的木杆上，幸亏喜羊羊机警，利用啄木把木杆啄断，成功逃脱。
灰太狼发明一种神奇的泡泡药水，可以将羊充气成为泡泡，这样就抓住了美羊羊和沸羊羊。但是喜羊羊用妙计救回了美羊羊和沸羊羊，并利用慢羊羊发明的泡泡添加剂让打败了灰太狼让他自食其果。
众羊在村长家作客后，把他的奖杯偷出来观看，不巧遇上灰太狼，情急下，懒羊羊把奖杯套在了他的头上，方才逃脱。灰太狼猜到众羊定会取回此奖杯，于是，在家中设下了天罗地网，结果，奖杯被众羊偷回，而自己却自食其果。
灰太狼从祖先留下的物品中找到一只巨型彩蛋，威力强大。他抓准了羊的心理，将彩蛋放于羊村外，并特别标明“小心危险”的字样。沸羊羊果然上当被抓。喜羊羊为救沸羊羊，抓住了灰太狼的疑心，在道上摆放彩蛋并写上“抓狼专用，危险勿动”。灰太狼果真绕过假彩蛋，掉进喜羊羊布置的陷阱。还被火山熔岩喷向天空。
灰太狼从一群徒迁的狂牛受启发发明了狂牛饮料。喝了这种饮料后，头上会长出牛角，并且有着狂牛的蛮力，所向无敌。但却因为带有着牛的习性，被喜羊羊数次利用将他击败，最后灰太狼撞穿树干，牛角被喜羊羊固定在树干上，连狼带树一起扔进河中。
月圆节快到了，羊羊们坐在河边一起讨论如何庆祝。喜羊羊提议大家到月亮上过中秋节又有意义又创新。大家各自做准备去。但是对话，被灰太狼用声纳捕捉器捕捉到了，准备好好施展一下身手。但是他的如意算盘又打错了，所以灰太狼今年的中秋节过的很“开心”呢！
为了能够进入羊村抓羊，灰太狼发明了神奇电视机，但演出者只有躲进里面的他，众羊果然中计，把电视机搬了进羊村，但因争抢电视看，把电视机弄坏了，还几乎害他丧命。好不容易，终于又再进入羊村，可又被喜羊羊识破了。
懒羊羊因为受到了灰太狼的袭击，从此大受到了刺激，总是梦见灰太狼来袭击他。看着他每天顶着一副熊猫眼睛有气无力的跟大家说话。羊羊都感觉到十分难过！大家聚集 在一起想出办法来帮助懒羊羊，克服懒羊羊恐惧任务正式开始。
灰太狼苦心研究出改进版的大小药丸，可以用遥控操纵。这样做才能够随心所欲，要大就大，要小就小。灰太狼只道这样就可以万无一失，兴冲冲地向羊村出发。缩小进门，变大抓羊。正节节胜利的时候，喜羊羊却使计谋偷去了灰太狼的遥控器，随心所欲地把灰太狼变大变小，尽情蹂躏，灰太狼再次失败，被整得狼狈而回。
喜羊羊钻研牙医知识，在羊村开了一家牙医诊所，可是羊羊们没有人来看牙医，生意很寡淡；灰太狼演苦肉计，潜入了喜羊羊的牙医诊所。不料，喜羊羊的拔牙方式极为特殊，根本就没有把脑袋伸进去，就拔掉了灰太狼的牙，灰太狼不甘心，陆续换上了钢牙，被喜羊羊用吸铁石吸住；换上涂有粘合剂的牙，却粘了一嘴泥土；最后满嘴的牙一颗不剩，仓皇而逃。偷羊不成反拔光了所有的牙，灰太狼气急败坏，只好戴上假牙套，但是洗假牙套的时候，把红太狼吓昏过去。
村长每人派发一辆自行车，方便他们逃避灰太狼所用，但众羊却用来比赛。灰太狼得知后，在赛道上挖陷阱，撒铁钉，结果，没害着众羊，却自食其果，最后，要靠自制的电瓶车来捉羊，幸好喜羊羊聪明，把灰太狼弄下了悬崖。
森林电视台举办“森林女声”比赛，美羊羊和红太狼都报上自己的姓名去参加。双方展开拉票活动。灰太狼要吃美羊羊，却被红太郎制止，因为她要比唱歌，不想被别人明白她是唱不过美羊羊留下笑柄。灰太狼找到其它狼族投票，许诺投票了，一定给羊肉吃；羊羊们拉来所有羊族的投票，喜羊羊做好事，帮蜜蜂们重新安好了家，得到蜜蜂们的报答，因此短信投票一下暴增。决赛的时候，红太狼唱得很好，但是终究是输给了美羊羊。夜晚，红太狼不服气，半夜起来练歌，灰太狼几乎疯掉，这时狼族都打电话要灰太狼送肉来，不然就不放过他，吓得灰太狼躲起来。
灰太狼偶然发现了藏在家里的“神奇画箱”。灰太狼利用神奇画箱捉羊，却惹出了一些麻烦。但在阴差阳错之下，却捉住了美羊羊。最后喜羊羊及同伴们乔装打扮，把“神奇画箱”骗到手，不但救回了美羊羊，还教训了灰太狼。
受尽没电之苦的灰太狼妒忌羊村能源充足，前往偷电用，还破坏了羊村的电源，意图冻僵众羊方便捉取。不料羊村已改用太阳能，灰太狼反被电网电走。灰太狼意图令太阳能电网失效，反被喜羊羊用计赶走。最终偷电的灰太狼被电晕。
灰太狼假扮魔术师，搭起马戏场，红太狼假扮灰太狼的助手，上台表演各种魔术，其实所有的魔术都是陷阱，想致羊死地。灰太狼邀请喜羊羊上台配合。喜羊羊被关在箱子里。灰太狼暴露原形，众羊大惊。这时，大象也来看魔术。灰太狼没能得手。大象不知道灰太狼的真实目的，让喜羊羊和灰太狼同台表演魔术，进行一次魔术大比拼，灰太狼借魔术想对喜羊羊下毒手，结果却让大象遭殃，愤怒的大象挥起大鼻子抽向灰太狼……
严冬季节，红太狼在家冻得结冰，好奇的灰太狼拾了些奇怪的石头，却忘记了拾柴火，被红太狼追打时误将石头投进壁炉，却引起爆炸，原来灰太狼拾到的是“硝石”。被炸的灰太狼灵机一动，发明了爆炸纸袭击羊村，却屡次失败，最后反被羊仔们利用爆炸纸将其炸飞。
灰太狼祖先的对象中找到一件战衣，穿上后可以力大无穷，功夫了得。但这战衣怕沾水，在灰太狼进攻羊村时，被众羊用水击退，灰太狼不甘心，改造战衣，在上面套多一件雨衣、盔甲，可惜，还是被众羊用火攻与磁石破解了。
不死心的灰太狼发起了第1091次进攻，但是依旧是羊没抓到，反被喜羊羊他们整治了一番，还惨遭众羊羞辱。带着心理和身体的创伤回家了。但在半路捡到了瓶仙，从而有实现三个愿望的机会，但是这三个愿望能否完成他吃羊的心愿。恐怕从山林中传来灰太狼悲壮的惨叫声似乎可以能证明这一个故事的结果吧！
灰太狼决定要抓只羊招待将到访狼表哥。灰太狼用红太狼乔装成慢羊羊造成被其捕获的假像，诱使其它小羊与之交换，慢羊羊及时出现戳穿灰太狼的阴谋。灰太狼却意外捕获了美羊羊。喜羊羊受到启发。乔装成灰太狼将中途的狼表哥抓住。喜羊羊再乔装成狼表哥进入狼家乘机以表演魔法为由救出美羊羊，并使得三狼互殴。
一天，慢羊羊醒来，感觉自己脑袋有问题，出了很多错，大家以为村长得了老年痴呆症，慢羊羊也感觉自己拖累羊村，终于在一天清晨留下一封遗书走了。在森林里，灰太狼发现了慢羊羊，把慢羊羊拖回家。但是红太狼觉得慢羊羊太老了，担心吃了老羊自己也变老，更担心老羊有病，吃了也得病，于是叫灰太狼用老羊引诱肉质肥嫩的小羊来上钩，小羊们为了解救慢羊羊，全部中了埋伏。这时，慢羊羊急中生智，解救了所有的羊，这时，慢羊羊才发现了自己不胡涂呀……
因暴雨成灾，河水泛滥，令到羊村的围墙缺了个口，灰太狼想趁此攻入羊村，但水流既急又猛，无法过去。一次无意的发现，知道王莲叶能载重，于是把它当船来渡河进入羊村，幸好喜羊羊机警，数度把灰太狼击退。
灰太狼偷看羊村上体操课受启发。想以走钢丝和跳伞进入羊村但被众羊用火箭烟花将其降落伞烧毁。灰太狼静悄悄用高空滑轮方式进入羊村，众羊手拿红缨枪等待着它。于是灰太狼用炮弹飞人方法进入羊村，但被众羊竖起大型箭靶挡住。最后灰太狼乘众羊不备之际用空中飞人方法进入羊村，正得手时，喜羊羊用跳跳板与弹弹床弹起半空剪断灰太狼的钢丝绳。灰太狼跌下，被众羊用跳跳板升上天。
春节至，村长欲为众小羊购新衣，结果中了灰太狼的计，穿上了他设计的充气，纷纷被捉走。侥幸逃过大难的喜羊羊，为救众羊，把充气衣服一分为二，潜进狼家，扮成是礼物，使夫妇二狼中计穿上，自食其果，从而救出众羊。
